Skipper (fra nederlandsk schipper) er en betegnelse på føreren av et mindre skip.

Arbeidsoppgavene innebærer navigasjon, vedlikehold av fartøyet, kommunikasjon med andre skip, myndigheter og kjøpere av lasten. Skipperen har ansvar for å føre skipet og for miljø og sikkerhet for mannskapet om bord. På fiskefartøyer deltar skipperen også i selve fisket.