Prefekt (latin: praefectus, av praeficere, av pre- og facere, «gjøre», egentlig «foresatt») er en person med en ledelsesfunksjon; i det gamle Roma: betegnelse for visse høyere embetsmenn, det vil si leder av administrativt område. En prefekts embete eller område kalles et prefektur, men i mange post-romerske tilfeller finnes prefekter uten prefekturer og vice versa.

I romanske språk benyttes fortsatt disse ordene, eksempelvis i Frankrike hvor det henvises til øverste embetsmann i et departement; fylkesmann, og politimester i Paris (préfet de police).