Flaggoffiser er et uttrykk for en høyere militær offiser som har rett til å føre eget kommandoflagg som uttrykk for sin grad eller rang. Som flaggoffiserer regnes typisk admiraler og generaler, men også offiserer av lavere grad umiddelbart under admiraler og generaler i hierarkiet. Betegnelsen er av maritim opprinnelse og går tilbake til at admiraler førte et særskilt befalstegn i mastetoppen.